San Isidro gehörte einst zur Gemeinde Antequera. Macapagao war der Name des Ortes, der auf eine dort ansässige Person zurückzuführen sein soll, die eine sehr raue Stimme hatte. Die dort lebenden Menschen bezeichnen ihn als "Macapagao". Nach einiger Zeit wurde der Ort Agbunan genannt. Der Name geht auf eine Pflanze namens "bugang" zurück, die weiße Blüten trägt, die sich ausbreiten oder in die Luft streuen, wenn der Wind weht.
Agbunan wurde zu einem der Barrios von Catigbian, als letzteres während des spanischen Regimes zu einer Stadt gemacht wurde.
Catigbian wurde während des philippinisch-amerikanischen Krieges zerstört. Seine Barrios wurden an die benachbarten Gemeinden abgetreten, und zu diesem Zeitpunkt kehrte Agbunan nach Antequera zurück. Als Catigbian jedoch wiederhergestellt wurde, wurde Agbunan wieder ein Teil von Catigbian. Agbunan oder San Isidro war eines der großen Feilschen von Catigbian.
Der Ort wurde am 21. Juni 1969 formell in eine separate Stadt umgewandelt, als Präsident Ferdinand Marcos das Gesetz RA 5662 unterzeichnete, mit dem San Isidro als eine der Städte der Provinz Bohol geschaffen wurde. Der Traum, aus ihrem Barrio eine Stadt zu machen, wurde durch das rasche Wachstum und die rasche Entwicklung dieser Stadt inspiriert.
Der Ort San Isidro, Bohol, feiert am 15. Mai sein Fest zu Ehren des Stadtpatrons, des Heiligen Isidor.
Eine ihrer Errungenschaften ist die Einrichtung des ersten Agbunan-Festivals, bei dem die Kultur und Traditionen der San Isidrohanons gezeigt werden. Das Festival ist ein großartiges Mittel zur Förderung des Tourismus, ökologischer und landwirtschaftlicher Bestrebungen, zur Aufwertung des Volksglaubens und der natürlichen Umwelt.
Das Festival umfasst einen Straßentanz und einen Showdown. Es werden auch Schaukästen mit ökologischen landwirtschaftlichen Produkten aus den verschiedenen Geschäften der Stadt ausgestellt.
